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当センターの運営は、センター所長以下センター専任教員を中心に医学部、産業保健学部、産業生態科学研究所、大学病院などの全学的協力体制のもとに行われている。 具体的な運営として、産業医学修練医等に対する産業医実務修練は、総括管理・健康管理・作業管理・作業環境管理の4部門で実施している。 さらに、日本医師会認定産業医制度に関する研修を行うとともに、学内および学外事業場に対し、産業医業務、健康診断や産業保健相談窓口等による情報提供などの産業保健実務を行っている。
産業医実務研修センターは、産業医学修練医等に対して産業医実務等に関する知識・技術を実地に練磨させるとともに、広く産業医等の資質向上を図るための教育・修練を行う施設として設立された。その後、平成11年からは、産業医修練コースI修練医の所属先としての役割が加わり、同コース4年間の修練を調整・管理するとともに、修了後の産業医等への就職促進に努めることとしている。
